De leiding van de Oude Synagoge ligt bij het bestuur en wordt gevormd door de volgende personen:
| Voorzitter | Goos van Steinvoorn |
| Vice-voorzitter | Jaap Meijer |
| Secretaris | Herman van Splunter |
| Penningmeester | Walter Bunnik |
| Communicatie & PR | Flip van der Kolk |
Het bestuur van de Oude Synagoge werkt op vrijwillige basis en ontvangt geen vergoeding voor haar werkzaamheden.